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Probenvorbereitung

Wie sollten Sequenzierproben versendet werden?

Für den Value Read Service in Tubes oder Platten

  • Unser Value Read Prozess wurde für Stich- oder Glycerinkulturen mit dem entsprechenden E. coli Klon, gereinigte Plasmid-DNA und gereinigte oder ungereinigte PCR-Produkte optimiert
  • Bitte verwenden Sie auschließlich 1,5 ml Tubes (ohne Parafilm) oder 96-well Mikrotiterplatten für Ihre Proben und Primer. Bitte senden Sie uns pro Sequenzierreaktion ein Tube
  • Bitte senden Sie die DNA flüssig. Entweder gelöst in bi-destilliertem Wasser oder in 5 mM Tris-HCl (pH 8,0 – 9,0) in einem Gesamtvolumen von 15 µl
  • Platten können mit PCR-Produkten und Plasmiden gemischt werden, falls keine weitere Aufreinigung mehr durchgeführt werden muss
  • Für optimale Ergebnisse sollte in der gesamten Platte die gleiche Konzentration / Menge an DNA vorhanden sein
  • Primer können in einer separaten Platte entsprechend der gleichen Anordnung wie die Proben in der Probenplatte mitgeschickt werden
  • Die Plattenposition H12 sollte für interne Qualitätskontrollstandards freigelassen werden.

Konzentrationsangaben:

  • Gereinigte Plasmid-DNA:
    50-100 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl
  • Gereinigte PCR-Produkte:
    < 300 bp:            2 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl
    300-1000bp:      5 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl
    > 1000 bp:        10 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl
    Für ungereinigte PCR-Produkte gilt die doppelte Menge
  • Primerkonzentration:
    2 pmol/µl; Mindestvolumen: 15 µl (entspricht einer Menge von 30 pmol)

Voreingestelltes Proben-Primergemisch in Tubes oder Platten:

  • Gereinigte Plasmid-DNA:
    50-100 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl inkl. 15pmol Primer
  • Gereinigte PCR-Produkte:
    < 300 bp:            2 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl inkl. 15pmol Primer
    300-1000bp:      5 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl inkl. 15pmol Primer
    > 1000 bp:        10 ng/µl in einem Gesamtvolumen von 15 µl inkl. 15pmol Primer

Für den Ready to Load Sequencing Service in Tubes oder Platten

  • Bitte verwenden Sie 1,5 ml Tubes oder 96-well Mikrotiterplatten
  • Verwenden Sie den ABI Big Dye Terminator Kit (v3.1)
  • Das Big Dye Volumen pro Reaktion sollte nicht größer als 1 µl sein
  • Das gesamte Reaktionsvolumen sollte 10 bis 20 µl betragen
  • Die Lieferung der Proben sollte ausschließlich auf Trockeneis erfolgen.

Für den Sequencing Service à la Carte

  • Sie können entweder eine Stich- oder Glycerinkultur mit dem entsprechenden E. coli Klon, die gereinigte Plasmid-DNA, ungereinigte oder gereinigte PCR-Produkte oder genomische DNA einsenden
  • Bitte verwenden Sie 1,5 ml Tubes für Ihre Proben und Primer
  • Wir bitten die DNA flüssig einzusenden. Entweder in bi-destilliertem Wasser oder in einer 5 mM Tris-HCl (pH 8,0-9,0) Lösung

Konzentrationsangaben:

  • Gereinigte Plasmid DNA:
    50-100 ng/µl; Minimum 1 µg pro Reaktion
    Bitte senden Sie die doppelte Menge für Proben mit Hairpin- oder Sekundärstrukturen, hohem GC-Gehalt oder anderen schwierigen Regionen
  • BAC-, PAC-, Cosmid-, Fosmid-DNA:
    200-1000 ng/µl; Minimum 4 µg pro Reaktion
  • Gereinigte PCR-Produkte:
    < 300 bp:            2 ng/µl in einem Mindestvolumen von 15 µl
    300-1000bp:      5 ng/µl in einem Mindestvolumen von 15 µl
    > 1000 bp:        10 ng/µl in einem Mindestvolumen von 15 µl
    Die Menge sollte für ungereinigte Produkte verdoppelt werden
  • Genomische DNA:
    5-50 ng/µl; die Mindestmenge beträgt 200 ng pro Reaktion
  • Primerkonzentration:
    2 pmol/µl, das Mindestvolumen pro Reaktion beträgt 15 µl (entspricht einer Menge von 30 pmol)

Für die Walking- und GLP-konformen Sequenzierservices

  • Sie können entweder eine Stich- oder Glycerinkultur mit dem entsprechenden E. coli Klon, gereinigte Plasmid-DNA oder ungereinigte oder gereinigte PCR-Produkte einsenden
  • Bitte verwenden Sie 1,5 ml Tubes für Ihre Proben und Primer
  • Senden Sie uns, falls vorhanden, eine Referenzsequenz in elektronischer Form

Mindestkonzentration:

Plasmid-DNA: 100 ng/µl
PCR-Produkte: 10 ng/µl


Minimale Gesamtmenge:

  • Einzelstrangsequenzierung:
    Plasmid-DNA: 1 µg/1 kb Insert
    PCR-Produkt: 100 ng/1 kb PCR-Produkt

  • Doppelstrangsequenzierung:
    Plasmid-DNA: 2 µg/1 kb Insert
    PCR-Produkt: 200 ng/1 kb PCR Produkt

  • 4fach Coverage:
    Plasmid-DNA: 4 µg/1 kb Insert
    PCR-Produkt: 600 ng/1 kb PCR Produkt