Die kostenlos verwendbare online siMAXTM Design-Software von Eurofins MWG Operon verbindet fortschrittliche Design-Parameter mit größtmöglicher Transparenz. Diese Software ist ein offenes flexibles System, das alle Designprozesse für unsere Kunden individuell gestaltet, um die gewünschten Ergebnisse zu erhalten. Unser Designprogramm ist direkt mit unserem online Bestell-System verlinkt, um einen nahtlosen Übergang von Ihrem siRNA-Design zur Bestellung der siRNA-Synthese zu gewährleisten.
Das siMAX™-Design basiert auf publizierten Daten, die auch die Arbeit von Reynolds et al., Nature Biotechnology, beinhaltet. Die siRNA-Kandidaten werden dabei nach zwölf Entscheidungskriterien ausgewählt und sortiert, wobei auch der GC-Gehalt oder die Auswahl von spezifischen Basen an kritischen Positionen des siRNA-Suchmotifs eine Rolle spielen. Diese voreingestellten Parameter können bei Bedarf flexibel angepasst werden.
Eurofins MWG Operon ist der erste siRNA-Anbieter, der in seine Designfunktionen die Darstellung der Sekundärstruktur der siRNA/mRNA Site integriert hat. Mit der siRNA Design-Software lässt sich die Wahrscheinlichkeit der Faltungsform der Bindestellen für jede siRNA anzeigen.
Beispiele für siRNA-Bindestellen (rot) auf der korrespondierenden, durch RNAfold vorhergesagten mRNA-Sekundärstruktur: (a) Bindestelle, eingeschlossen durch zwei benachbarte Hairpin-Strukturen, (b) Bindestelle an einer Region mit drei internen Loops, (c) Bindestelle an einer „Stack“-Region
